恐らくだけど、リンクが1000年前の世界に行き復活した終焉を倒すという歴史に繋げるには、リンクがマスターソードを完成させて時の扉を作り出す必要と、ゼルダが1000年の眠りで女神の力に覚醒する必要があったからじゃないかな?